La comtesse Albina du Boisrouvray a fondé la Fondation avec des proches et des amis de François, son fils unique, en mémoire de ce dernier. Pilote d'hélicoptère, François-Xavier Bagnoud a trouvé la mort en 1986, à l'âge de vingt-quatre ans, alors qu'il effectuait une mission héliportée dans le cadre du Paris-Dakar au Mali, en Afrique occidentale.

La Fondation conduit diverses activités philanthropiques tandis que l'Association François-Xavier Bagnoud soutient plus d'une vingtaine d'initiatives dans le domaine des droits de l'enfant, de la santé, des droits de l'homme et du VIH/sida pédiatrique dans 17 pays. Ses activités sont indépendantes de celles de la Fondation. L'Association est en partie financée par cette dernière mais a aussi besoin d'autres sources de financement.